马达加斯加商标注册申请程序共分六步：

(1)事先检索在先权利，查询申请要使用没有印花的公文纸，查询费用为每个商标20 000阿里亚里(马达加斯加货币单位)，此阶段同我国一样为非必经程序，48小时即两个工作日后取回查询结果；

(2)如果事先检索没有在先权利则进入第二步：提交商标注册申请表格，费用每个商标80 000阿里亚里，专用期十年，到期续展；

(3)形式审查，主要审查书件是否齐备，规费是否缴纳，如无问题则发出受理通知；

(4)实质审查，自受理申请6个月后审查是否违反89-019号法令和92-993号法令；

(5)依职权颁发注册证或发出全部或部分驳回通知；(6)公告，即把予以核准保护的商标在该局公告GOPI上予以公告。 

  马达加斯加工业产权局对提交的申请进行形式审查和实质审查。如果申请被驳回，申请人可以向法院提起上诉寻求救济。需要提醒申请人注意的是，马达加斯加工业产权法令中没有明确规定商标的异议程序，但这并不是说拿到马达加斯加工业产权局颁发的注册证后注册人就可以高枕无忧了。该国工业产权法令中明确规定：“如果注册商标在马达加斯加全国境内公开并连续使用至少三年并且在可能引发的相关法律诉讼中没有败诉，这种情况下任何人都不得再基于在先使用的事实向马达加斯加工业产权局提出争议。”反之，如果注册商标不能满足上述条件，该注册商标持有人将可能被提起争议，在争议成立的情况下商标将被撤销。